1856年春李秀成已升任地官副丞相,随燕王秦日纲解镇江之围,大败吉尔杭阿,又攻破清军江北、江南大营,解天京之围。1856年9月,天京事变后,清军乘机从各个战场反攻。李秀成入守桐城,率残军六七千人把守孤城。1857年春,李秀成与从宁郭郡来救的陈玉成在枞阳商定出奇兵制敌的计策,大破清军,并北上六安、霍邱,招得捻军张乐行、龚德树等,进封合天侯。
杨欲杀其兄,就把他交给韦昌辉“议罪”。韦昌辉为了讨好杨秀清,竟以五马分尸处死了自己的哥哥,并且还声言不如此,不足以警众。韦昌辉的部将张子朋任意殴打水营士兵,激成兵变,杨秀清为此事杖责韦昌辉数百。韦昌辉的副将替他打抱不平,说道:“怒遣而杖辱之,其后将何堪?”而韦昌辉却说杨秀清对他“罪责无不公”,杀了这个副将“以谈秀清”。1856年,由于杨秀清威逼洪秀全封他为“万岁”,使洪、杨之间的矛盾空前激化,导致了天京变乱。洪秀全一面在天王府设防自卫,一面遣心腹密诏在江西的韦昌辉、秦日纲回京勤王。